La Pieve di S. Emiliano a Padenghe sorge fuori dall’attuale centro abitato, su un piccolo “promontorio” morenico poco discosto dalla possente mole del castello, sulla strada verso Lonato. Si tratta di un piccolo edificio religioso di epoca romanica, costruito in pietra e ascrivibile cronologicamente all’XI-XII secolo. La prima menzione documentaria è contenuta in una bolla di papa Eugenio III dell’anno 1145, secondo la quale la chiesa di S. Emiliano risulta dipendente dal vescovo di Verona (S. Emiliano, titolare di questa chiesa, visse in una regione ora rumena e fu martirizzato nel IV secolo).

L’edificio è a pianta rettangolare con abside semicircolare a est e facciata a spioventi a ovest e navata unica. Nel XVI secolo, secondo gli studiosi, l’interno della chiesa veniva radicalmente restaurato e in quell’occasione veniva costruito il piccolo campanile a vela innestato all’angolo nord-est. 

S. Emiliano perse la sua centralità cultuale proprio in questo periodo, quando fu costruita la nuova parrocchiale nel centro del paese. Il declino continuò, fino al definitivo abbandono e alla sconsacrazione del tempio. Dovevano arrivare gli anni cinquanta del XX secolo prima che la chiesa, restaurata, ritrovasse gli antichi assetti d’epoca romanica, lasciandosi apprezzare soprattutto per l’omogeneità e compattezza dell’apparato architettonico.

 La chiesa oggi è visibile su tre lati: la facciata, il lato nord e l’area absidale: la parete longitudinale sud è chiusa dentro strutture rurali di più recente costruzione. La piccola chiesa è realizzata con pietre grigio-avorio di provenienza locale, integrate con pietre un po’ più grandi, sempre squadrate in maniera grossolana e appena livellate nelle facce a vista, di colore rosato, utilizzate queste ultime soprattutto negli stipiti delle porte e negli spigoli (gli studi parlano di medolo, corna, marmo di Botticino e marmo rosso di Verona).

La facciata a capanna, assolutamente priva di decorazioni, è intaccata, nella parte a sud, dalla costruzione del portone con tettoia che fa da ingresso all’area rurale. L’oculo inserito al centro, sopra l’entrata, è pure una realizzazione moderna; sono al contrario originali le strutture del portale, composto da una semplice apertura rettangolare inserita entro stipiti in marmo rosso di Verona, monolitico a destra e composto da due tronconi a sinistra, più piccolo quello a sostegno dell’architrave orizzontale, il tutto sormontato da una lunetta ad arco aggettante realizzata in quattro blocchi sempre in marmo rosso di Verona; poco sopra questo arco è murata una pietra rosa, squadrata, con scolpita in rilievo una croce greca, scalpellata in tre dei quatto bracci.

 L’edificio attuale misura 9 passi di larghezza per 16 di lunghezza rilevati allo spigolo nord-est, più tre passi di estensione massima dell’emiciclo absidale. L’accesso all’aula unica della chiesa è agevolato da due gradini, per il fatto che il pavimento in cemento risulta sopraelevato rispetto al livello del sagrato di circa mezzo metro. L’interno è scarsamente illuminato, dato che le uniche aperture a dare luce sono l’oculo di facciata, le due monofore absidali e la portafinestra inserita nel longitudinale nord.

Ciò che colpisce immediatamente del Duomo di Padenghe è la collocazione atipica, presso un incrocio stradale ed in una zona periferica. Il caso è piuttosto raro, forse unico, infatti tutte le chiese parrocchiali dei paesi vicini sono collocate al centro o in una località dominante. Quest’atipicità fa supporre che l’edificio fosse in origine uno xenodochio, ovvero un ricovero per forestieri e pellegrini, molto probabilmente eretto dai frati benedettini di Maguzzano. La data di costruzione è ignota: la prima di cui si ha menzione è il 1454, anno della visita pastorale del Vescovo Ermolaio Barbaro che, in tale occasione, consacrò la Chiesa di S. Maria e dedicò l’altare maggiore alla natività della Vergine.

Sulla facciata sei lesene formano tre uguali spazi nei quali sono posti il portale e le due nicchie contenenti le statue, in stile barocco, dei Santi Emiliano e Cassiano. Il portale è sormontato da un timpano inflesso e spezzato, con al centro un vaso con fiamma, da encarpi pendenti e da una grossa testa di cherubino. La costruzione è ad un’unica navata, con volta a botte e presbiterio rettangolare. Il campanile fu terminato nel 1616, come attesta un’incisione sul muro esterno, mentre la sacrestia fu completata nel 1742 ed affrescata dal pittore Falli di Pratello.

Attualmente la Chiesa ha otto altari:

• Il primo, a destra dell’entrata, è dedicato all’assunta ed è stato eseguito dal marmorino Felice Sugari di Rezzato agli inizi dell’Ottocento. La tela rappresenta Maria Assunta in cielo tra gli angeli con S. Giuseppe e S. Francesco Saverio.
• Il secondo, sempre a destra, è dedicato alla Madonna dei sette dolori. La pala, che rappresenta Maria in preghiera con il cuore trafitto da sette pugnali, fu eseguita nei primi del Seicento da Antonio Gandino.
• Nel terzo altare di destra si trova la Cappella del Crocifisso, costruita per un voto fatto dalla popolazione durante l’epidemia di colera che scoppiò nel 1836. Nella nicchia dell’altare è conservato un crocifisso ligneo di pregevole fattura e d’autore ignoto, mentre ai lati troneggiano due statue lignee raffiguranti S. Gioacchino e S. Anna. 
• Anche il quarto altare di destra è dedicato alla Madonna. 
• L’altare maggiore, in marmo, fu costruito nel XVIII secolo. La pala raffigura la Madonna col Bambino ed i Santi Emiliano, Cassiano, Miletto, Ippolito, Vito e Modesto. Fu eseguita dal pittore veronese Paolo Farinati nella seconda metà del Cinquecento.
• Nella prima cappella a sinistra è collocato il battistero. Nella seconda vi è l’altare (il sesto) dedicato alla Santissima Trinità adorata da San Antonio da Padova in gloria. L’opera risale ai primi del Settecento ed è opera di Francesco Paglia.
• Nella terza cappella è situato l’altare delle reliquie, eretto nel XVI secolo. La lavorazione ad intarsi marmorei è di scuola bresciana della fine del Cinquecento. Sopra di esso si erge il capolavoro di Zenon Veronese: la Beata Vergine in trono con in braccio Bambin Gesù attorniata da quattro santi: S. Cristoforo, S. Sebastiano, S. Antonio Abate, S. Donato.
• L’ultimo altare a sinistra è dedicato a S. Rocco, rappresentato insieme al suo inseparabile cane. La statua proviene dalla chiesetta di S. Rocco, demolita nel 1836.