Le prime testimonianze archeologiche certe di un insediamento stabile nel territorio di Padenghe sul Garda risalgono all'età romana. A quell'epoca vi esistevano una villa rustica e un porto lacustre. La villa era inserita in un sistema di strutture abitative, agricole e organizzative sparse in tutta l'area del Basso Garda e delle colline moreniche a sud del lago. Risale con ogni probabilità al II-III secolo d.C. Il porto, situato in località San Cassiano, era utilizzato con finalità commerciali e di presidio militare. A partire dal V secolo d.C. il Garda e gli altri laghi prealpini rivestirono infatti un'importanza primaria per il controllo degli accessi da nord alla pianura padana e fu sede di una flotta di pattugliamento.

Nel Medioevo Padenghe fu sede di una pieve, chiesa con diritto di battesimo e di riscossione della decima, sottoposta al vescovo di Verona. La pieve è stata eretta nell'area della villa romana, in un rapporto evidente di continuità, come spesso è avvenuto anche in altre zone d'Italia.

L'insediamento aveva carattere sparso: era organizzato in più nuclei dislocati sulle colline, nell'immediato entroterra lacustre. Vennero incentivate e diffuse le coltivazioni pregiate dell'ulivo e della vite.

Intorno all'XI secolo vi fu eretto un castello recetto, utilizzato dalla popolazione e collegato con i castelli di Lonato, Moniga, Manerba, Polpenazze, Puegnago in una sorta di sistema difensivo unitario che ha fortemente connotato il paesaggio di tutta la Valtenesi.

Nel XIV secolo fu acquisito dagli Scaligeri, che controllarono l'intera area.

A partire dall'inizio del Quattrocento, Padenghe, insieme con i comuni della “Magnifica Patria”, che faceva capo a Salò, entrò a far parte dei domini della Repubblica di Venezia, che governò il territorio gardesano fino alla sua caduta.

In epoca veneta il Garda divenne un grande porto interno; vi fiorirono i commerci e gli scambi. Il porto di Padenghe fu utilizzato per il commercio del sale che arrivava dalle miniere austriache attraverso il Brennero e poi veniva venduto sui mercati lombardi.

Con l'unificazione italiana, Padenghe, inserita nella Provincia di Brescia, fu riconosciuto come sede di Comune, nel quale era inserito anche Moniga.

Nel Novecento, con la “grande trasformazione”, la costruzione della statale Gardesana modificò profondamente l'assetto viabilistico e insediativo del territorio, preparando i mutamenti  più profondi, che risalgono agli ultimi due decenni.