Die ersten archäologischen Zeugnisse einer dauerhaften Besiedlung in der Gegend von Padenghe sul Garda stammen aus der Römerzeit. Zu dieser Zeit gab es eine rustikale Villa und einen Seehafen. Die Villa war Teil eines Systems von Wohngebäuden, landwirtschaftlichen und organisatorischen Strukturen, die über das gesamte Gebiet des unteren Gardasees und die Moränenhügel südlich des Sees verstreut waren. Es stammt wahrscheinlich aus dem 2.-3. Jahrhundert n. Chr. Der Hafen in San Cassiano wurde für kommerzielle und militärische Garnisonszwecke genutzt. Ab dem 5. Jahrhundert nach Christus waren der Gardasee und die anderen voralpinen Seen von vorrangiger Bedeutung für die Kontrolle der Zugänge vom Norden zum Po-Tal und Sitz einer Patrouillenflotte.

Im Mittelalter war Padenghe Sitz einer Pfarrkirche, einer Kirche mit dem Recht auf Taufe und der Sammlung des Zehnten, die dem Bischof von Verona vorgelegt wurde. Die Pfarrkirche wurde im Bereich der römischen Villa in einem offensichtlichen Verhältnis der Kontinuität errichtet, wie es in anderen Gebieten Italiens häufig vorkam. Die Siedlung hatte einen spärlichen Charakter: Sie war in mehreren Kernen auf den Hügeln im unmittelbaren Hinterland des Sees organisiert.

Der kostbare Anbau von Olivenbäumen und Weinreben wurde gefördert und verbreitet.

Um das 11. Jahrhundert wurde dort eine vertiefte Burg errichtet, die von der Bevölkerung genutzt und mit den Burgen von Lonato, Moniga, Manerba, Polpenazze und Puegnago in einer Art einheitlichem Verteidigungssystem verbunden wurde, das die Landschaft der gesamten Valtenesi stark geprägt hat.

Im 14. Jahrhundert wurde es von den Scaligeri erworben, die das gesamte Gebiet kontrollierten.

Ab dem Beginn des fünfzehnten Jahrhunderts wurde Padenghe zusammen mit den Gemeinden der "Magnifica Patria", die von Salò geleitet wurde, Teil der Gebiete der Republik Venedig, die das Seegebiet bis zu seinem Fall regierte.

In der venezianischen Ära wurde der Gardasee ein großer Binnenhafen; Handel und Gewerbe blühten dort. Der Hafen von Padenghe wurde für den Salzhandel genutzt, der aus den österreichischen Minen über den Brenner kam und dann auf den lombardischen Märkten verkauft wurde.
 

Mit der italienischen Einigung wurde Padenghe unter der Autorität der Provinz Brescia als Sitz der Gemeinde anerkannt, zu der auch Moniga gehörte.

Im zwanzigsten Jahrhundert, mit der "großen Transformation", veränderte der Bau der Gardesana-Staatsstraße die Straßen- und Siedlungsstruktur des Territoriums grundlegend und bereitete die tiefgreifendsten Veränderungen vor, die bis in die letzten zwei Jahrzehnte zurückreichen.